El recinto, declarado monumento nacional el 16 de noviembre 1984, estaba muy complicado producto del terremoto de 2010, justo en momentos en que su restauración tras el terremoto de 1985 estaba concluida.
Según el Decreto Supremo Nº 936 del 16.11.1984, la Iglesia de San Francisco se realizó íntegramente con el aporte económico de la comunidad y constituye un hito urbano que se aprecia desde gran distancia. Formalmente, constituye una expresión singular de arquitectura ecléctica propia de fines del siglo XIX y que no obstante las sucesivas transformaciones, el edificio aún conserva unidad estilística, que lo aproxima a un estilo neorrománico y neogótico en algunos detalles. Su estructura es unitaria salvo en la cúpula de la torre, que fue reconstruida con criterio estructural diferente.
Los franciscanos concluyeron las obras del templo y convento, iniciadas por los jesuitas, en 1891. El templo tuvo modificaciones posteriores, hasta el diseño actual concluido en 1930, con fuerte influencia oriental. En 1970 los franciscanos dejan san Fernando entregando la iglesia y el convento al Obispado de Rancagua, su actual propietario.
El terremoto de 1985 afectó gravemente la iglesia y el claustro impidiendo su uso desde entonces. En octubre del 2008 se iniciaron las obras de restauración aprobadas por el Consejo de Monumentos Nacionales el año 2006. Esos trabajos concluyeron en febrero de 2010, días antes del terremoto devastador del día 27, que nuevamente dejó estructuralmente dañado el templo, haciendo imposible su uso, además de ocasionar un peligro inminente por derrumbes.
La iglesia consta de tres naves, fue construida con muros de albañilería de ladrillos artesanales, pilares esbeltos de albañilería armada, techumbre de tijerales y vigas y cimientos de piedra.
El proyecto ejecutado por la Dirección de Arquitectura del MOP entre el 2008 y 2010 intervino aquellos elementos que presentaban daños evidentes. Tras el terremoto del 2010, resultaron dañados precisamente aquellos elementos que no fueron reforzados en dicha intervención.
En la actualidad, el edificio posee variadas patologías, como, por ejemplo: derrumbe en la coronación de la fachada principal, columna interior, grietas y desprendimientos, daños antrópicos y daños por agentes bióticos.
El edificio presenta varios daños producto del terremoto de febrero del 2010, como colapsos de elementos ornamentales de la fachada, grietas pasantes y fisuras en fachada, en muros de la nave y ábside y en la cúpula del ábside.
Por otra parte, presenta un grave daño en todos los elementos de madera, especialmente en la estructura de techumbre y de piso, debido al ataque intensivo de insectos xilófagos.
A lo anterior, se agrega que el edificio fue ocupado por personas en situación de calle, causando mayores daños ya que utilizaron los desechos de madera para calefacción. Esta situación fue controlada por el Obispado de Rancagua mediante la instalación de cierros.
De esta manera, la voluntad de realizar la ejecución de obras de emergencia surgió a raíz de la solicitud de la Municipalidad de San Fernando de apoyo para la ejecución de obras de emergencia que detuvieran el deterioro al interior del inmueble, producto del abandono, libre acceso de animales y filtración de agua, y que resguardaran la seguridad de las personas que transitan en torno al inmueble, ante la actual situación de riesgo por el posible desprendimiento de escombros.
La obras concluyeron en noviembre del presente año, desarrollándose todas las partidas conforme a la licitación que contó con $75.000.000 aproximadamente. Se espera que con esta acción se comience a desarrollar un proyecto de restauración integral que debe contar con el apoyo de las autoridades de la región de O’Higgins.